У 1945 р. Західний Тимор увійшов до складу Індонезії, що отримала незалежність від Нідерландів. Східний Тимор ще 30 років продовжував залишатися португальським володінням. Квітнева революція 1975 р. в Португалії, що спричинила повалення тоталітарного режиму диктатора А. Салазара, створила передумови для отримання суверенітету колишніми колоніями Лісабона. Перед Східним Тимором зажевріла перспектива створення незалежної держави. У той же час інша частина населення португальської колонії за підтримки Індонезії домагалася об'єднання з цією країною. Сутички між прихильниками незалежності та проіндонезійськими збройними формуваннями призвели влітку 1975 р. до громадянської війни. 28 листопада того ж року військово-політичний рух Фретілін проголосив створення незалежної Народно-Демократичної Республіки Східний Тимор. Всього через 9 днів республіка була знищена вторгненням індонезійських військ.

    Окупація Індонезією Східного Тімору викликала вкрай негативну реакцію з боку ООН, соціалістичних країн і країн-учасниць руху неприєднання. Країни Заходу на чолі з США поставилися до факту агресії більш спокійно. Можливо, ці держави навіть підштовхували тодішнього індонезійського президента Сухарто приєднати до «Країни тисячі островів» половину острова Тимор. Побічно про подібну домовленість може свідчити той факт, що Індонезія ввела на схід Тимору свої війська через всього лише пару днів після відвідування Джакарти американським президентом Дж. Фордом. США мали свої інтереси в Південно-Східній Азії. Тим більше що в плани Вашингтона після втрати в 1975 р. Південного В'єтнаму, свого стратегічного союзника в регіоні, явно не входило толерантне ставлення до новоствореної народно-демократичної республіки, котра не ховала своїх симпатій до Радянського Союзу і Китаю.

    Східний Тимор вже в 1976 р. отримав статус двадцять сьомої провінції Республіки Індонезія, що стала по-індонезійськи називатися Тимор Тимур. Незважаючи на введення індонезійської армії, озброєні формування Фретілін продовжували війну за незалежність, нападаючи на індонезійських солдатів, чиновників адміністрації, тиморців-колабораціоністів, нерідко використовуючи при цьому терористичні методи боротьби. У відповідь індонезійські власті намагалися придушити народний рух хвилями репресій. Для контролю за населенням у пересіченій гірській місцевості створювалися спеціальні табори, де східні тиморці перебували під наглядом військових. За деякими західними оцінками, мабуть сильно завищеними, за чверть століття індонезійського панування було знищено до 200 тис. тиморців (тобто 25% усього населення). Цифра втрат індонезійських збройних сил за 25 років проведення «антитерористичної операції» варіює від 5 до 12 тис. чоловік убитими. Тимор за 70-90-ті роки став одночасно і «індонезійським Афганістаном», і «індонезійською Чечнею». У збройних силах Індонезії важко знайти офіцера, який не мав би досвіду бойових дій проти повстанців на Тиморі.

    Однак не слід однозначно негативно оцінювати чвертьвікове панування Індонезії на сході Тимору. Не потрібно забувати, що індонезійський уряд намагався розвивати цей відсталий регіон. У роки окупації 97% бюджету Східного Тімору дотувалося центральним урядом. Це у вісім разів більше, ніж для середньоарифметичної індонезійської провінції. Тут було побудовано 3800 км шосейних доріг (за 300 років португальської влади – всього 20 км), промислові підприємства, школи. Економічне зростання на Тиморі завжди було більше, ніж у середньому по країні. Але, незважаючи на це, прагнення тиморців до незалежності і не думало слабшати: у 1996 р. Нобелівський комітет присуджує премію миру двом тиморцям – католицькому єпископу Карлосу Біло і лідеру руху за незалежність Хосе Рамосу-Хорта, що живе в еміграції.

    Сформоване на Тиморі становище в 1998 р., як і чверть століття тому, було змінено зовнішніми чинниками. Подібно подіям 1974 р., трансформація політичних умов була пов'язана з падінням тоталітарного режиму, але на цей раз не в Лісабоні, а в Джакарті. У результаті «індонезійської перебудови», яка висунула вимоги демократизації суспільного життя, президент Сухарто, який правив цілих три десятиліття, був заміщений помірним реформатором професором Хабібі. Новий глава держави запропонував варіанти мирного вирішення Тиморської проблеми і гарантував східній частині острова надання широкої автономії аж до визнання відокремлення регіону. 30 серпня 1999 року в Східному Тиморі відбувся референдум з питання про його майбутнє. Частини індонезійської армії, що залишалися в місцях постійної дислокації намагалися чинити тиск на волевиявлення народу. Тим не менш оголошені результати виявилися не на користь Джакарти: 78,5% населення висловилося за незалежність Східного Тимору. Плебісцит був відзначений високою активністю населення, на опитувальні дільниці прийшло 98,6% зареєстрованих тиморців.

    Наслідки референдуму викликали, загалом, очікувану реакцію: прихильники збереження зв'язків з Індонезією спробували зі зброєю в руках захистити свої права. Цей шар тиморського суспільства був підтриманий індонезійською армією, що, звичайно, також можна було припустити заздалегідь. Яванські переселенці – це, як правило, урядові чиновники різного рівня, вчителі та лікарі, фахівці в різних галузях промисловості і сільського господарства, військові пенсіонери, тобто люди, які приїхали в чужі краї за призовом держави і державою ж у результаті кинуті.

    В результаті збройних зіткнень більше половини жителів Східного Тимору були змушені тікати зі своїх рідних місць, сховавшись від кровопролиття в центральних гористих районах острова або ж на Західному Тіморі. Багато хто з біженців сховалися на інших островах Зондського архіпелагу і на Новій Гвінеї. Характерно, що в Індонезію бігла не тільки та частина населення, яку можна було назвати «п'ятою колоною» Джакарти, а й ті східнотиморці, що ще вчора голосували за незалежність. Військові зіткнення були миттєво роздуті світовим «демократичним» друком до розмірів геноциду Індонезії проти народу Східного Тимору. У всіх репортажах, показаних в «розвинених країнах Заходу», проіндонезійські ополченці і підтримуючі їх військові видавалися як кати. Апогеєм розвитку цього «театру» стали маніфестації австралійських і новозеландських домогосподарок, розбавлених деяким числом Тиморських іммігрантів, що пройшли в Окленді, Сіднеї і Мельбурні під гаслами «Свободу Східному Тимору!», «Індонезія – країна перемігшого фашизму» і т. д.

    Парламент Індонезії вже 19 жовтня 1999 року визнав підсумки референдуму і погодився на перехід східної частини Тимору під управління ООН. Багато в чому це було пов'язано зі складною політичною обстановкою в країні, що склалася в результаті фінансової кризи 1998 р. і відставки президента Сухарто. Багатонаціональна Індонезія затріщала по швах. Спалахнули з новою силою міжнаціональні конфлікти на Калімантані, на Молуккських островах, на індонезійській частині Нової Гвінеї, званої Іріан-Джаей.

    Перехідна адміністрація ООН для Східного Тимора (УНТАЕТ) була сформована вже 25 жовтня 1999 року. Метою цієї структури проголошувалося створення умов для проведення незалежних виборів у парламент майбутньої держави Тимор та здійснення передачі влади легітимному східнотиморському уряду. Главою УНТАЕТ і спеціальним повноважним представником генерального секретаря ООН у Східному Тиморі був призначений бразилець Сержіо Вієйра ді Меллу. Останній індонезійський солдат покинув Східний Тимор 1 листопада 1999 року.

    12 липня 2000 року в Східному Тиморі сформовано перехідний уряд, що складався з 4 східнотиморців і 4 представників ООН. Спочатку планувалося, що національний прапор Тимору буде урочисто піднято в Ділі 28 листопада 2001 року, проте, це було зроблено лише 20 травня 2002 року. Ця дата є офіційною датою незалежності Східного Тимору.